三年间发生的最大的事件就是三忍之一的冷君大蛇丸失踪了，他的弟子红豆被种下了咒印。
经过调查，暗部在大蛇丸的秘密实验室中发现了人体实验的设备，数十个孩子浸泡在装满营养液的罐子中，幸存者仅有一人。自此大蛇丸被定为叛忍，危险等级为S级。
幸存的那名孩子最后被三代火影收养。期间不知道发生了什么事情，团藏的长老一职被罢免，猿飞日斩也正式退休在家带孩子。
而自来也在拦截大蛇丸的时候被打成重伤，养好伤后就立即出发继续游历，至于目的到底是寻找命运之子，还是取材，又或者是寻找大蛇丸就没人知道了。
相比之下，日向一族族长，于木叶48年12月27日喜得一女这种事，别说头条，连热搜都不一定能挤进去。
风波渐渐平息，村子恢复平静，四代火影的声望也不断提高，卡卡西这一代忍者已经十七八岁，几乎可以独当一面了，无论是忍者还是平民，此时都坚信在四代目的领导下，村子会越来越好。
……
……
而此时，四代火影波风水门的家中。
水门一挥手，一条横幅展开挂在墙上。
玖辛奈一挥手，彩带喷花从鸣人头上纷纷飘扬落下。
卡卡西则是端出了生日蛋糕。
“鸣人三周岁生日快乐！”*3
“嘻嘻，谢谢！”鸣人笑着闭眼许愿，然后吹灭了蜡烛。
随后玖辛奈一把揽住鸣人肩膀，笑着问道：“快告诉妈妈，鸣人许了什么愿望？说不定立刻就会实现哦！”
鸣人露出了“天真”的笑容：“我希望妈妈给我生一个哥哥！”
“什么嘛，原来只是生一个哥哥而已，包在我身……诶？？？”